【红蝶案】淑贵妃中毒去世，刘太医满门抄斩，养女季雨棠想要翻案。和男主一起调查了案发现场和卷宗，发现淑贵妃左手臂内侧有个红色蝴蝶印记。这是贵妃把手臂搭在椅子扶手上所导致的，扶手上有个小机关，上面涂抹了高浓度的毒药，与皮肤接触就能渗透进去。这个按摩椅是贵妃身边新来的陈嬷嬷为贵妃特意打造的，红色蝴蝶的装饰是翠珠建议的，毒药是侍女翠珠涂抹的。当时陪伴在皇帝身边的是翠珠的母亲芸香，这个淑贵妃是假冒的，是当时的老嬷嬷也就是翠珠的外婆告诉她真相的。之所以是红蝶印记，是因为翠珠发现淑贵妃是苗疆的人，看到过他们接头密谋什么东西，而且数年前，也就是皇帝父亲那一代，也出现过红蝶案类似的情况，这是翠珠从宫里老人嘴里听说的。所以把嫌疑推到苗疆人信奉的红蝶上。
毒药是翠珠从魁道人身边偷的，魁道人炼丹之余，也会倒腾一些其他的玩意儿，这毒药是她通过魁道人身边的药童偷来的。
【皇帝李介昏迷案】侧妃张淼想给女儿找个好夫家，皇帝看上的人她不喜欢，三番两次推脱，皇帝不悦。为讨皇帝欢心，举荐了一个炼丹术士魁道人，给皇帝炼制延年益寿的金丹。金丹本来没有问题，但是魁道人被太平教的教主张平凡暗示诱导，给金丹里逐步加入朱砂，想慢慢让皇帝中毒，结果因为淑贵妃去世，得知真相之后，皇帝悲痛交加，导致药性提前发作，昏迷不醒。
调查之后，魁道人被灭口，男女主潜伏到太平教内查找证据，发现张平凡和李从有勾结。
【太平教内真假状元郎案】
男女主遇到危险的时候，太平教里有个儒雅的哑巴先生冯有期，还被毁容，他帮助男主脱险，他其实就是男主的亲生父亲，当年的状元郎。他和假状元郎长得一模一样，但没有血缘关系，他是来自偏远地方的神童。假状元郎就是如今的谢家家主，谋害了他，霸占了他的成绩。但是假状元郎不知道冯有期和王琴有了孩子。当时王家想送一个女儿到李介身边，没有人愿意去，王琴也不想去，她就想着先斩后奏，于是给冯有期下药，两人有了孩子，但是这一切谢家家主不知道。
接下来就是谢家家主谋害冯有期，霸占他的状元郎位置，王琴找谢家家主对峙为什么不提亲，他才知道完犊子了，他已经有喜欢的人了，于是假装负心人，威逼利诱与王琴断绝关系。王琴心灰意冷，决定去李介身边当王妃，却发现自己怀孕，偷偷生下孩子之后，得知谢家家主喜得麟儿，其乐融融。她想要报复，便把这个孩子偷走，把自己的孩子跟他调换了。
两个孩子长得很像，王琴的孩子被当做继承人好好抚养，她恨透了谢家家主，于是命心腹把孩子掐死扔掉。心腹掐住了孩子，窒息后把他扔到水边，这孩子命大，后来又醒了过来，被过路的船帮青衣帮救下了。
【青衣帮案】
青衣帮是有名的船帮，帮主是个独眼的女人，长得很艳丽，做事很凶悍，但唯独对孩子水生特别温柔，什么都听水生的，她也很直白的告诉水生的身世。
水生和男主长得很相似，但没有一模一样，水生的额角处有个鱼形的胎记，和他亲娘一样。她亲娘一直用脂粉盖住。
青衣帮的案件是帮主青衣被杀！
水生找到太平教求助的时候，恰巧遇到男女主。当时男女主走散，女主误以为水生是男主，拉着他走了很久，两个人还经历了惊险的追捕。后来才发现他不是，此时的男主遇到了自己的亲生父亲，帮助他逃离。
【季雨棠身世案】
季雨棠的亲生父亲是敌国的皇帝刘栾（大概50岁），当年在宫里做质子的时候，和一位制药的女使林女使相爱，女使生下了季雨棠的母亲就去世了。太后当年还未嫁给皇帝，她是王家嫡女王锦华，在宫里住过一段时间，她喜欢质子，但是只是默默喜欢，知道自己承担着王家的荣华富贵，不能随心所欲嫁给自己喜欢的人。王锦华知道林女使和刘栾的事情后，也是真心祝福，三个人成为好朋友。后来两国爆发战争，质子被当做人质押送到敌方阵营准备当场杀掉，结果趁乱逃脱，有人发现林女使和质子的关系，提议用林女使威胁质子出来。恰好此时的王锦华生产困难，林女使在她房中，两人一同生产，没人知道林女使也怀孕了，她一直遮掩的很好。生产之后，林女使自尽，又怕别人看出她生育，放了一把火，皇后的孩子没了，而且再也不能生育，于是就把林女使的儿子当做自己的孩子养育。
结果到李全16岁的时候，被良妃密谋杀害，没死，李全找了一个假的替身。李全有个心爱的姑娘，是草药世家季家的女儿，昏迷时期被她所救，于是产生了和她长相厮守的想法，便假死。
但他的踪迹还是被良妃探查到了，派出杀手追杀，王锦华知晓了这一切，找到李全告知了他的身世，让他回到敌国以保住自己的性命。情况危机，李全已经要被送出国。临走时，求王锦华找到自己的妻女。找到的时候，季家女儿已经去世了，只留下一个女婴，也早就被刘太医家收养了，现如今也长到十五六岁了。王锦华得知消息没多久的时候，就爆发了刘太医毒害淑贵妃的事情，只能暂时保住季雨棠的性命。但她一开口，也就是暴露了季雨棠的身份，因为李从一直在密谋这些。
当年李全假死之后，太后抱养了李介，又对良妃的两个孩子下手，针对良妃，扶持新人分宠，导致良妃在宫斗中落败，最后老皇帝病死之后，太后就扶持李介当上皇帝，暗中毒杀了良妃，说她给老皇帝殉葬了。李从暂时隐忍，通过良妃留下的书信加上调查得知了季雨棠是李全的女儿（第一层身份），为了报仇，扳倒太后和李介，他开始密谋引导【红蝶案】、【金丹案】
与此同时，刘栾大限将至，派出自己的皇子来寻找女儿。
【太平教案】
长平凡网络了很多蒙受冤屈的有才之士，大力发展宗教，壮大自己的势力，想要称为皇帝。很多事件的背后主谋就是张平凡，他的真实身份其实是皇帝的大哥李从，那个毁容的李从，他有个影子替身。